Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d’Atlantis, au milieu des glaces de l’Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l’armée. L’équipe Stargate : Atlantis a pour mission d’explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d’Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d’explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : Les Wraiths …
La flotte d’ Anubis ayant été vaincue, les Grands Maîtres Goa’uld, inquiets de voir le plus puissant d’entre eux et sa flotte détruits en une seule bataille, décident de traiter avec les Terriens.
Parallèlement, étant donné que O’Neill est toujours maintenu en stase au pôle sud, Carter et Teal’c décident d’utiliser le vaisseau Goa’uld qu’a modifié O’Neill afin de mettre le cap vers Halla pour demander l’aide des Asgards.
Apres les découvertes de Jonas Quinn qui pense avoir localisé la Cité Perdue des Anciens, SG-1 part explorer cette planète. Sur place, SG-1 y trouve Daniel Jackson, amnésique, découvert il y a peu par les habitants de la planète…
Pendant ce temps, Anubis devient de plus en plus puissant.
Alors que SG-1 peine à se remettre du départ de Daniel et que Jack manifeste de la défiance envers Jonas, Teal’c doit retourner dans la rébellion jaffa.
Anubis attaque le SGC en en surchargeant d’énergie la Porte, ce qui menace de provoquer une explosion cataclysmique alors que Sam et McKay peinent à trouver une solution.
Désormais confrontée à des fronts plus nombreux et variés, SG-1 ne va pas connaître une période de repos, mais au contraire de tension, les ennemis se multipliant, que ce soit dans l’espace comme sur Terre.
Un jeune garçon pourrait détenir dans son esprit la mémoire collective des Goa’ulds. Mais l’équipe de SG-1 devra aussi faire face à une race humanoïde qui pourrait anéantir leur futur, et au grand retour d’Apophis !
Le SGC signe un traité avec les Goa’ulds pour prévenir une invasion de la Terre continue mais SG-1 rencontre de nouveaux ennemis.
Après avoir temporairement vaincu Apophis, l’équipe SG-1 poursuit ses missions au cours desquelles elle rencontrera, entre autres, la Tok’ra et les Asgards.
Suite à la découverte de la Porte des étoiles, le colonel Jack O’Neill et son équipe partent à la découverte de mondes et civilisations inconnus…
En 1994, Daniel Jackson, jeune égyptologue de génie, résout enfin l’énigme du gigantesque anneau de pierre et d’acier découvert en 1928 sur le site de la grande pyramide de Gizeh. Un nouveau monde s’ouvre alors…
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